Missione
Il Genomics Centre nasce dalla partnership tra le Unità di Genomica di INOC – Istituto Nazionale Oncologico Candiolo e dell’Italian Institute for Genomics Medicine (IIGM).
La missione principale del Centro è fornire servizi di sequenziamento e bioinformatica all’avanguardia ai gruppi di ricerca di INOC e IIGM, oltre a supportare la Biobanca di INOC e i progetti di sequenziamento clinico su larga scala.
Il Centro offre inoltre i propri servizi di sequenziamento e bioinformatica a utenti esterni provenienti dal mondo accademico e dall’industria.
Un’ulteriore missione del Centro è promuovere l’innovazione attraverso l’implementazione di workflow personalizzati, con particolare attenzione alla loro applicazione su campioni clinici complessi, come i tessuti FFPE.
Servizi offerti
- Servizi di sequenziamento standard, tra cui sequenziamento dell’esoma (WES), del genoma (WGS) e RNA-seq su piattaforme Illumina
- Servizi di sequenziamento specialistici, tra cui WGS con tecnologia Nanopore e sequenziamento diretto dell’RNA, saggi single-cell e spatial 10x Genomics, e metagenomica
- Servizi di bioinformatica, che comprendono demultiplexing e controllo qualità (QC), supporto bioinformatico end-to-end per progetti clinici e supporto per l’archiviazione e il deposito dei dati di sequenziamento in repository pubblici.
Principali tecnologie e piattaforme disponibili
- Piattaforme Illumina (NovaSeq 6000, NextSeq 500, MiSeq)
- Piattaforme Nanopore (PromethION 24, GridION)
- Piattaforme 10x Genomics (Chromium X, CytAssist)
- Sistemi robotizzati per high-throughput e miniaturizzazione (Biomek i7, Tecan Freedom EVO, Hamilton, I.DOT)
- Vizgen MERSCOPE per l’ibridazione a fluorescenza in situ (FISH) multiplexata per DNA e RNA
Tipologia di campioni accettati
- Acidi nucleici estratti da qualsiasi specie, incluso DNA microbico per studi di metagenomica
- Linee cellulari immortalizzate (umane e murine)
- PBMC e organoidi
- Tessuti congelati (fresh-frozen) e FFPE (umani e murini)
Team
- Nicola Crosetto, MD, PhD (Responsabile Scientifico)
- Simonetta Guarrera, MSc (Responsabile Operations)
- Alice Bartolini, PhD (Tecnico di Laboratorio – Genomica)
- Daniela Cantarella, PhD (Tecnico di Laboratorio – Genomica)
- Beatrice Fenoglio, MSc (Tecnico di Laboratorio – Automazione e Innovazione)
- Katiuscia Gizzi, BSc (Tecnico di Laboratorio – Genomica)
- Ottavio Lischio, MSc (Pipeline Developer / IT Specialist – Bioinformatica)
- Stefano Lise, PhD (Coordinatore dell’Unità di Bioinformatica)
- Barbara Martinoglio, PhD (Tecnico di Laboratorio – qPCR e ddPCR)
- Caterina Parlato, BSc (Tecnico di Laboratorio – Genomica)
- Roberta Porporato, PhD (Tecnico di Laboratorio – Tecnologie in situ)
- Francesca Taormina, MSc (Tecnico di Laboratorio – Genomica)